明代倭寇的活动，以嘉靖朝为界可大体分为两个时期。前期是从元末、明初到正德年间。元末，日本进入南北朝分裂时期，其内战中的败将残兵、海盗商人及破产农民流入海中，乘明初用兵之机，屡寇滨海州县。

    洪武时，海防整饬，尚未酿成大患。经永乐十七年（1419）六月的望海埚之战，明辽东总兵刘江率师全歼数千来犯之倭后，倭寇稍稍敛迹。

    正统以后，因明代海防逐渐空虚，倭寇侵扰时能得手，致倭患又起。

    这一时期的倭寇成员多为日本本土之人，除侵扰外，还利用中日间存在的“勘合贸易”载运方物和武器。路遇官兵，则矫称入贡；乘其无备，则肆行杀掠。

    总的说来，嘉靖以前，倭寇侵扰只限于个别地区，时间亦短，尚未成为明朝东南地区的严重祸患。

    前期：明成祖发动叛乱，夺取政权，迁都北京后，据说建文皇帝在南方的残余势力与日本海贼合作，以日本一些岛屿为基地，在中国和朝鲜沿海进行报复性侵扰，由于这些南方人身穿日本人服装，使用日本人的武器和作战方法，所以也用“倭寇”这名词来称呼由日本人与南方中国人所组成的海盗集团。

    明成祖晚年，由于陆上北方威胁未除，南方郑和下西洋以后，激增的海陆来往也带来了渐盛的倭寇侵扰，遂实行海禁政策，只开放勘合贸易(官方贸易)。

    但后来到了嘉靖二年(西元1523年)爆发了宁波之乱，加上稍早时，葡萄牙人入侵发生了屯门海战与西草湾之战，此后沿海治安多次陷入危机。

    明朝遂宣布中断一切贸易，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多自唐朝以来整个贸易产业链相关从业人员（鱼业、手工业、造船业、贸易）的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成了嘉靖倭乱。

    后来的发展上，明人王直扮演了很重要的角色，王直曾上书朝廷请求开海禁，被拒绝后，把基地设在日本的平户藩，以反对明朝海禁政策的南方中国人为基础，与日本人、佛朗机人合作进行走私，在后期倭寇中，很为知名。

    胡宗宪与戚继光曾参与讨伐倭寇的军事行动。

    后期：嘉靖以后，是倭寇活动加剧的时期。其原因有四：

    ①战争造成日本各阶层人士的大量破产和失业，遂多流为寇盗；

    ②由于日本商业的发展，大小藩侯的奢侈欲望愈益增长，对中国大陆各种物资和货币的需求更加强烈；

    ③日本室町幕府已名存实亡，无力控制全国政局，诸侯各自为政，尤其是南方封建主，将掠夺中国大陆视为利薮；

    ④这一时期有大量的中国商人、破产农民和失意知识分子等，由于各种原因留居日本。其中有资本者纠倭贸易，无财力者则“联夷肆劫”，成为嘉靖隆庆年间倭寇的重要组成部分，构成这一时期倭寇的一个显著特点。

    如侨居日本的倭寇首领汪直、徐海、毛烈、陈东、叶明（叶麻）、邓文俊、林碧川、沈南山等，即为此类人物。